Zum ersten Mal wird die japanische Wurfwaffe in den historischen Chroniken „Heikemonogatari“ erwähnt. Darin wird über die kleinen Metallklingen, die man als Waffe, den Feind aus der Entfernung zu töten, berichtet. Jedoch waren das Werfen verschiedener Gegenstände und die Benutzung dieser Fertigkeit für die kriegerischen Ziele nicht nur viel eher als die Erscheinung des obengenannten Buches, sondern den Büchern überhaupt, bekannt. Praktisch bei jedem Volk trifft man auf die Wurfwaffe von verschiedener Art und Größe, hergestellt aus Holz, Stein oder Metall.

Wenn man über Shuriken-Jutsu spricht, so hat diese Kunst, wie so vieles in Japan, kontinentale (chinesische) Wurzeln. Die Kunst des Teetrinkens und der Zusammenstellung von Blumen, die Kalligraphie, die Kampfkunst gewannen rein japanische Züge, nachdem sie auf den japanischen Boden gelangt waren, so wurde auch Shuriken-Jutsu mit der Zeit für eine Kunst mit der authentischen Inselherkunft gehalten. Eine große Anzahl von Schulen (Ryū), die diese Kunst entwickelt haben, hat mit den Jahren jegliche Erwähnung vom chinesischen Ursprung weggelassen, in den Chroniken die Namen der japanischen Gründer verewigend. Dies ist mit vielen Dingen in der japanischen Geschichte passiert, die von außen in die Kultur hineingebracht wurden, und scheinbar wird dies wieder und wieder passieren, da das einer der typischen Züge des japanischen Charakters ist.

Die Grundarten der Wurfklingen gelangen nach Japan zusammen mit der Welle der chinesischen Emigranten, die die Kunst des Werfens der Kleinwaffenarten schon vor 1,5 Tausend Jahren v. Ch. kannten, was viele schriftliche Quellen bestätigen können. Auch die Waffe selber beweist besser als irgendwas anders ihre zweifellose Verwandtschaft mit dem chinesischen Shuriken.

Das durch die Fehden zerrissene Land war der fruchtbare Boden für die Entwicklung jeder Kampfkunst, das Shuriken-Jutsu eingerechnet. Diese Kunst haben nicht nur Ninja, wie es bei uns eine allgemeine Meinung ist, benutzt, sondern auch die Samurai, obwohl gerade Ninja die Neigung zu einer tragbaren, unauffälligen, lautlos und aus der Entfernung vernichtenden Waffe hatten. Gerade in ihrer Umgebung hat das Shuriken-Jutsu in seiner Entwicklung den Höhepunkt erreicht, von einer Generation zu der anderen wie einer der wichtigsten Bestandteile der Ausbildung eines Kämpfers übertragend. Sogar die weiblichen Ninja (Kunoichi) haben den Wurf ihrer Haarspangen (kansashi) in dem Grad beherrscht, dass sie in eine tödliche Waffe verwandelt werden konnten. Statt Shuriken wurde alles benutzt, was als Ersatz für die Waffe eintreten konnte, angefangen mit einer Feile (jachiri) und endend mit den Gebetsrädern der buddhistischen Mönche (horin).

Wenn in den Schulen der Samurais das Shuriken auf der dritten oder vierten Stelle stand (niedriger konnte nur der unbewaffnete Kampf stehen), so stand es damit in den Ninja Clans absolut anders. Natürlich hat diese Tradition auch einen großen Einfluss auf das moderne Ninjutsu gemacht, wo das Werfen von zugespitzten Metallplättchen und Metallpfeilen ein Teil in der Ausbildung des Bujinkan ist.

In den traditionellen Budo-Schulen ging das Shuriken-Werfen oft parallel mit der Erlernung der Messertechnik (Tanto) und der Benutzung von Kogai und Kozuka (ein Hilfsmesser und eine zugespitzte Stange, die in dem Schaft des großen Schwertes getragen wurden). Außerdem haben manche Schulen auch den Wurf und die Benutzung von einer zugespitzten Stange für die Lenkung der Pferde und von Essstäbchen erlernt. Die bekanntesten Schulen der Samurai Kampfkünste, die heute Shuriken-Jutsu praktizieren, sind Meifu Shinkage Ryū, Negishi-Ryū, Shirai-Ryū und Tishyu-Ryū. Es existiert keine Ninjutsu-Schule, in der diese Kunst nicht unterrichtet wird.